会社員のエンジニアとフリーランスのエンジニア、大きく異なる点は働き方だけではありません。年金制度や健康保険といった社会保険の制度も大きく異なります。

年金制度では、会社員は「第2号被保険者」、フリーランスは「第1号被保険者」に分類されます。前者は国民年金と厚生年金の2つに、後者は国民年金のみに加入することになります。会社員の場合、年金保険料は月ごとの給料の定率で算出され、その半分は、勤め先の会社が負担します。フリーランスの場合は、毎月定額の年金保険料を納めます。
基本的に支払う年金保険料はフリーランスのほうが安く済みますが、将来的に受け取れる年金の額に大きな差が生まれ、比較する条件にもよりますが月額にして10万円近く差が生まれることもあります。

次に健康保険ですが、会社員の場合は基本的には会社が加入している組合の健康保険に加入することになります。保険料は会社も負担してくれます。一方、フリーランスの場合は、国民健康保険に加入しますが、保険料は全額自己負担です。この二つの大きな相違点は、傷病手当金や育児休業給付金がもらえるかもらえないかという点です。会社員であれば怪我や出産時には手当金を受け取ることができますが、フリーランスには基本的にはこのような収入の補填はありません。

上記のように、基本的にフリーランスは会社員と比べて、社会保険に関する保障があまり充実しておりません。ですのでフリーランスの場合、自分自身で万が一の時に備える工夫が必要となります。